Question

テーマ『Cocoon』様をお借りしてコーポレートサイト運営をしようと思っていますが、一部は自作のPHPファイルを使用しようかと考えております。
そこで心配なのがセキュリティです。既存テーマに自作のPHPファイルを追加することで、Cocoon様のセキュリティが対応されなくなるようなことがあるのでしょうか？
いろいろ検索してみたのですが、うまくヒットせず回答を見つけることができませんでした。
ぜひご教授いただければと思います。よろしくお願いいたします。

※ちなみに該当箇所はブログページで、固定ページ内に投稿記事の特定のカテゴリのみを表示したいのですが、ショートコードを使用すると出来上がりのデザインがイマイチです。
CSSも使っているのですが、やはり表示の段階でどうにかした方がいいかな、という考えのもとですが、もっといい方法があれば、もしよければ教えていただけると非常に助かります。
よろしくお願いいたします