ネガティブSEOという物が本当に効果があるのかは、現在ではDOSアタックによってサイトをダウンさせてGoogleのインデックスから消してしまうという手法以外にはそれほど実例や証拠が出そろっていない状況です。
ウェブマスターツールに警告が来ていないのであれば得に心配されすぎる必要は無いかと存じます。ただ、御社のサイトへの被リンク元で不本意なサイトはリンク否認ツールでリンクを評価しない事をGoogleにお願いする事ができます。(詳しくはこちらをご覧下さい)。
しかし、本来評価されてSEO上効果的だったかもしれないリンクを否認してしまう可能性もあります。
結論としてはウェブマスターツールに何らかの警告が表示されていないのであれば現時点では余気にされない方が得策です