根本はまったく同じ検索エンジンです。しかし、yahooが検索結果を独自にフィルタしたりGoogle独自の機能で使わない物があるので結果はクエリによってかなり違うものになるようです
http://www.sem-r.com/news-2010/20100727153000.html
具体的な違いは明らかになっている物は下記です
yahoo検索について ・ユニーバーサル検索(動画や画像、ニュース検索の結果も混ざって表示させる)が無い ・パーソナライズ検索が無い（これはGoogleアカウントによって成立する機能の為） ・ニュース検索がyahooニュースの物になる
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