おそらくですがビデオが90度回転した状態で記録されているのではないかと考えられます。
ビデオを回転させるソフトウェアに「Free Video Flip and Rotate」というのがあり、ビデオを回転させて保存後Windows movie makerに読み込まれたらいかがでしょうか?
Free Video Flip and Rotate
*このソフトはインストール時に、広告アプリもインストールしようとしてくる為、チェックを必ず外されてください
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