検索エンジンは元は同じですが、下記のような違いがあり、検索結果がずれるようです。代表的な違いをお書きします
パーソナライズ検索のロジックが違う
パーソナライズ検索とは、その人物の検索履歴や、年齢性別の予測データから検索結果をそのユーザーに即した結果に一人一人変える技術です。このロジックがGoogleとYahooではそれぞれ独自の物を用いています
Yahoo検索にはYahooのサービスの結果が差し込まれます
Yahooの検索結果には、「Yahoo!ニュース」「Yahoo!知恵袋」「Yahoo!ショッピング」「Yahoo!地図」「ヤフオク」等の独自サービスの検索結果が差し挟まれるようになっています。
オートコンプリート
オートコンプリートとは、検索窓に入力している途中で、検索キーワードを予測して表示してくれる仕組みです。このロジックもGoogleとYahooそれぞれ独自の物を使用しています。
リッチスニペット
リッチスニペットとは、検索結果に評価の星を入れたり、画像を差し挟んだりしてユーザーがクリックして移動するページの判断を助ける為の情報の事です。Googleでは検索結果の要約の所に表示されます。この表示ロジックもGoogleとYahooでは独自の物を使用しています。
広告の表示数
GoogleとYahooの広告の表示もそれぞれが独自のサービスで行っていますので内容も量も全く違います。
Yahooでの腕時計での検索例（上部に大きなショッピング用広告枠、右に違う広告が表示されていますね）
Googleでの腕時計での検索例（上部に広告枠は無く、広告も右に１点だけです）
より詳しい情報はこちらより表がありますのでご確認頂けます
http://ascii.jp/elem/000/000/857/857455/
キーワードプランナーの統計は情報が無いのですが、Google単体だと考えられますが確実とは言えません。こちらはご自身でお調べになられてください
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