理解が間違っていたら済みませんが、HTMLやJSで作成されたプロジェクトは、ブラウザで読み込んで使用する物ですので、最終制作物は配布ではなくインターネット上のサーバーにアップロードして、そのリンクを配布されるというのが一般的かと思います
CD-ROMに全てのデータを入れてユーザーがそれを見れるようにするというのは、ローラルからの実行だとブラウザがJSを実行しなかったりしますので単純なHTML以外の物でなかったら難しいでしょう。
WebBrowser コントロールexeファイルに埋め込んでそのexeの中に制作されたHTMLファイルやJSを読み込ませるというのも一つの手ではあります