Question

ｇｕｌｐでミニファイなどを行っているのですが、src直下にないもとは圧縮してくれないようですね。

cssも直下とfoundationなど別フォルダを作ってその中にcssファイルを入れたりすると思うのですが、
そのような場合どうしていますか？

サブライムで開いたり、定期的にブラウザでチェックするのを考えると、毎回自分でcssファイルを移動するのは大変ですよね。